Die Pfeifen sind in getrennten Reihen, den sog. Registern zusammengefasst. Jedes Register enthält Pfeifen gleicher Bauart, Mensur und Klangfarbe, die sich über den gesamten Tonumfang der Klaviatur erstrecken. Durch Drücken einer einzelnen Taste erklingt pro Register normalerweise eine Pfeife, bei mehrchörigen Registern wie Cornett oder Mixtur werden gleichzeitig mehrere Pfeifen angesprochen. Bei den Registern unterscheidet man grundsätzlich zwischen Labialen (Lippenpfeifen) und Lingualen (Zungenpfeifen).